インスタンスタイプは廃止になることがありますか？例えばt2.smallを使っていたのにそれが廃止になるなど。

旧世代のインスタンスタイプが使えなくなるといったことは考えられます。
新世代のインスタンスタイプのほうがコストパフォーマンスに優れますので、定期的なアーキテクチャの見直しをしていただくことをお勧めしています。