作成したAWSアカウントで使わないリージョンを無効化する方法は有るのでしょうか。

AWS OrganizationsのSCPを利用することで可能です。詳細はAWSドキュメントをご参考いただけると幸いです。
https://docs.aws.amazon.com/ja_jp/organizations/latest/userguide/orgs_manage_policies_scp.html