EC2にDBをインストールした場合インスタンスを増減するとインスタンス別にデータの不一致等が発生しますか？

基本的にEC2インスタンス同士でEBS Volumeを共有する「ストレージ共有型クラスタ」はEBSの仕様特性上利用しません。よって、何の手立てもしない場合はEC2インスタンス間のデータは同期しません。一般的にはブロックデータコピー（DRBD等）やDBサーバのレプリケーション機能を利用して、EC2インスタンス同士のデータ同期を行います。