SGとNACLは同時に設定することが推奨されるのでしょうか。OSのFW機能はSGを使うのであれば無効が推奨されるのでしょうか。

基本的にはSGにて設定頂ければと思います。ただ、FWは複数層にしてセキュリティを高めるという場合もありますので、その場合はOSのFWも同時に設定頂ければと存じます。