RDSのディレクトリオブジェクトにファイルを作成した際、EC2のサーバーより作成したファイルを参照することは可能でしょうか。

RDSは、リレーショナルデータベース機能の提供でありサーバではないので、直接EC2から参照することはできません。ただし、s3を統合することで、s3上に作成したファイルをアップロードし、EC2から閲覧することができます。細かな手法などについては、AWS公式のドキュメントをご参考下さい。
https://docs.aws.amazon.com/ja_jp/AmazonRDS/latest/UserGuide/oracle-s3-integration.html