EC2セットアップ時にコマンドでhttpdをインストールされていましたが、それらはどこへインストールされるのでしょうか。S3がなくともセットアップできているように見えましたが。

EC2のストレージは基本的にEBSであり、S3ではございません。実際にはEBSのストレージ上に保存されます。AWSにおけるストレージサービスのそれぞれに関する説明につきまして、公式のドキュメントもございますので、よろしければご参考ください。 https://media.amazonwebservices.com/jp/csd20140909/TA-02.pdf