インスタンスタイプ変更の際に、AMIを事前に作成し、既存のマイAMIから作成→終了時に削除でする場合、既存のサーバがなくなり、同じサーバがインスタンスタイプ変更で立ち上がるイメージで合ってますか。また終了時に削除をチェックせずに、作成した場合、AutoScalingと同じイメージで1つから2つに増やせれますか。

EC2インスタンスは「終了」によってシャットダウンされ、削除されます。「終了時に削除」のチェックというのは、インスタンス起動時の「ステップ４：ストレージの追加」の画面にあるものと推測いたします。こちらは、EC2インスタンスにアタッチされているEBSボリュームを削除するかどうかというものになります。
また、その他のご質問の意図を以下のように推測しましたが、もしも齟齬があればご指摘ください。

・インスタンスタイプの変更：対象となるインスタンスを停止すれば、AMIを作成しなくても可能です。AMIから別のEC2インスタンスを起動した場合でも、同じAMIから起動した既存のインスタンスは影響をうけません。
・ストレージ追加の際に「終了時に削除」のチェックをしなかった場合の挙動：上述のようにこのチェックボックスはEC2インスタンス自体の削除をするようなものではないので、同一のAMIイメージからAuto Scalingによって複数のインスタンスを起動することは可能です。