インスタンスが自動削除される際のデータなどは担保されるのでしょうか。

スポットインスタンスと呼ばれる料金体系を利用した場合に、自動停止されるケースが考えられます。
インスタンスが削除されると、データも削除されてしまいますので、事前にストレージサービスを利用し、バックアップを取得しておく必要がございますので、注意が必要です。