ddosアタックなどのリクエスト増大系攻撃を仕掛けられたときもs3の料金は増分で払う必要が有りますか。

AWSは「利用した分料金が発生します」ので、DDoS攻撃も同様で料金が発生します。（例外がございますので、攻撃された際はサポートセンターへの連絡が望ましいです。）そのため、攻撃から防ぐサービスとして「AWS Shield」というサービスが用意されております。無償で使うことができますが、より強固にしたい場合は、有償のサービスを利用することも可能です。https://aws.amazon.com/jp/shield